Type de document : Article scientifique disponible en ligne avant publication dans Research in Veterinary Science
Auteurs : Lisa Di Marcantonio, Francesca Marotta, Michele Podaliri Vulpiani, Quixi Sonntag, Luigi Iannetti, Anna Janowicz, Gabriella Di Serafino, Elisabetta Di Giannatale, Giuliano Garofolo
Résumé en français (traduction) : Étude du microbiote cæcal et de ses relation potentielles avec le bien-être animal dans les élevages de poulets de chair
Cette étude a évalué les variations du microbiote cæcal et leurs corrélations avec la colonisation par Campylobacter et le statut de bien-être des animaux. À cette fin, nous avons mené une étude transversale du microbiote cæcal de 187 poulets de chair élevés dans 13 lots provenant de 10 exploitations avicoles en effectuant un séquençage de l’ARNr 16S (régions V3-4). Le bien-être de chaque lot a été évalué à l’aide d’un protocole simplifié Welfare Quality®, le score étant plus élevé dans les lots issus de l’agriculture biologique, par rapport aux lots sans antibiotiques et conventionnels. Des analyses bioinformatiques ont été réalisées dans QIIME 2 et une analyse discriminante linéaire a déterminé l’association entre le microbiote et les animaux présentant différents statuts de portage de Campylobacter et différents niveaux de bien-être. Dans le microbiote des sujets négatifs pour Campylobacter ou présentant des scores de bien-être élevés, les Bacteroidetes constituaient le phylum prédominant, avec une augmentation significative de l’abondance du genre Megamonas. On a également trouvé plus de Parabacteroides, de Phascolarctobacterium, et d’Helicobacter dans les volailles négatives pour Campylobacter au niveau du genre. Les animaux présentant les scores de bien-être les plus bas avait des quantités plus élevées de Proteobacteria. Ces résultats suggèrent une différence de composition et de diversité microbienne dans les groupes analysés.
Résumé en anglais (original) : The present study assessed the modulation of cecal microbiota and correlations with Campylobacter colonization and animal welfare status. For these purposes, we conducted a cross sectional study of the cecal microbiota from 187 broilers reared in 13 batches from 10 poultry farms by performing 16S rRNA sequencing (regions V3–4). The welfare of each batch was assessed using a simplified Welfare Quality® protocol, scoring higher in organic batches, compared to both antibiotic-free and conventional batches. The bioinformatics analyses were conducted in QIIME 2 and a linear discriminant analysis determined the association between microbiota and animals with different Campylobacter carriage status and welfare levels. In the microbiota from the subjects negative for Campylobacter or with high welfare scores, Bacteroidetes was the predominant phylum with the genus Megamonas significantly increased in abundance. A greater abundance of Parabacteroides, Phascolarctobacterium, Helicobacter in poultry negative for Campylobacter was also found at the genus level. Animals with the lowest welfare scores showed an increased abundance of Proteobacteria. The results suggested a different microbial composition and diversity in the analyzed groups.
